Sunoto selaku Ketua Majelis Hakim ternyata menyampaikan dissenting opinion atau pendapat yang berbeda saat pengadilan menjatuhkan putusan terhadap mantan Direktur Utama PT ASDP Indonesia Ferry (Persero), Ira Puspadewi, beserta sejumlah pejabat lain. Ira sendiri divonis 4,5 tahun penjara dan harus membayar denda sebesar Rp500 juta terkait kasus korupsi akuisisi PT Jembatan Nusantara (JN).
Sementara itu, vonis untuk mantan Direktur Perencanaan dan Pengembangan PT ASDP, Harry Muhammad Adhi Caksono, serta mantan Direktur Komersial dan Pelayanan, Muhammad Yusuf Hadi, adalah 4 tahun penjara dengan denda Rp250 juta.
Menurut Sunoto, langkah akuisisi PT JN oleh ASDP tidak sepenuhnya dapat dibuktikan sebagai tindak pidana korupsi. "Menurut saya, para terdakwa seharusnya dinyatakan bebas dari segala tuduhan hukum," ucap Sunoto di ruang sidang Pengadilan Tipikor PN Jakarta Pusat, Kamis (20/11/2025).
Ia berpendapat keputusan yang diambil Ira dan rekan-rekannya dalam mengakuisisi PT JN bukanlah suatu tindak pidana. Proses akuisisi tersebut lebih tepat disebut sebagai keputusan bisnis yang dilindungi oleh aturan Business Judgment.