Cerita ini awalnya muncul di WIRED Jepang dan telah diterjemahkan dari bahasa Jepang.
Belahan belahan utara sedang memasuki gelombang Covid lagi – sementara sebagian besar dunia bertindak seolah-olah pandemi sudah berakhir, kasus-kasus kembali meningkat. Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit AS (CDC) telah mencatat peningkatan tes Covid positif, kunjungan ke departemen gawat darurat, rawat inap, dan kematian dalam beberapa minggu terakhir, sementara kasus dan rawat inap di Inggris juga sedang naik.
Tapi di Jepang, lonjakan itu terlihat dengan jelas. Institut Penyakit Menular Nasional Jepang melaporkan bahwa rata-rata jumlah orang yang terinfeksi per institusi medis telah meningkat pesat sejak Juni. Terutama, prefektur Okinawa telah menyaksikan jumlah pasien yang dirawat di rumah sakit baru tertinggi sejak pelaporan dimulai, dan mungkin virus tersebut menyebar di Jepang dengan kecepatan yang melebihi gelombang besar terakhir negara itu, pada September 2023 dan Januari 2024.
Para pelaku di balik lonjakan ini adalah kumpulan varian baru: KP.3, LB.1, dan KP.2.3. Keturunan dari sublini Omicron JN.1 yang mendominasi sejak Natal, mereka telah menjadi penggerak infeksi baru di seluruh dunia, dengan KP.3 tampaknya semakin mendominasi. Pada tanggal 15 Juli, CDC AS memperkirakan sekitar 37 persen kasus Covid baru di Amerika Serikat disebabkan oleh KP.3, dengan KP.2 menyumbang 24 persen dan LB.1 15 persen. KP.3 telah meningkat dengan cepat dalam beberapa bulan terakhir: Pada 11 Mei, diperkirakan 9 persen kasus di AS disebabkan olehnya; sebulan kemudian pada 11 Juni, pangsaannya mencapai 25 persen.
Secara bersama-sama, virus-virus ini disebut sebagai varian FLiRT, karena semuanya memiliki mutasi dalam protein puncak yang mengubah asam amino ke-456 dari fenilalanin (F) menjadi leusin (L) dan asam amino ke-346 dari arginin (R) menjadi treonin (T). Menurut sebuah makalah oleh Institut Ilmu Kedokteran di Universitas Tokyo, yang dipublikasikan awal tahun ini dalam jurnal The Lancet Infectious Diseases, varian-varian ini lebih mudah menular daripada varian-varian utama sebelumnya dan memiliki kemampuan tinggi untuk menghindari antibodi netralisasi.
Genotipe ke Fenotipe Jepang (G2P-Jepang), sebuah konsorsium penelitian di institut tersebut, memperkirakan angka R dari varian FLiRT – rata-rata jumlah kasus baru yang disebabkan oleh orang yang terinfeksi, dan ukuran infektivitas – lebih tinggi untuk bentuk-bentuk baru virus ini dibandingkan dengan JN.1. Selain itu, ketika infektivitas virus-virus ini dievaluasi di sel-sel yang dipelihara, KP.3 memerlukan jumlah virus yang lebih rendah untuk menyebabkan infeksi dibandingkan dengan LB.1 dan KP.2.3, yang keduanya memerlukan jumlah virus yang sama dengan JN.1. Hasil ini memberikan petunjuk mengapa KP.3 tampaknya menuju dominasi.
Varian-varian FLiRT, termasuk KP.3, juga melampaui kemampuan bentuk-bentuk virus sebelumnya untuk menghindari kekebalan. Ketika tim G2P-Jepang memeriksa infeksi masa lalu, infeksi breakthrough (mereka yang mengikuti vaksinasi), dan respons terhadap antibodi netralisasi yang diinduksi oleh vaksin Covid XBB.1.5 yang diperbarui, mereka menemukan bahwa dalam semua kasus aktivitas netralisasi terhadap FLiRT jauh lebih lemah daripada terhadap varian epidemi yang ada.