Dalam Islam, toleransi dijelaskan melalui Al Quran, khususnya dalam Surat Al Kafirun. Surat ini dikenal sebagai surat toleransi bagi umat Islam untuk menghormati penganut atau faham agama lain. Hal ini penting mengingat Indonesia yang memiliki beragam agama, suku, dan ras yang berbeda-beda namun tetap bisa hidup berdampingan secara harmonis.
Larangan menebar kebencian dan tindakan teror, serta anjuran untuk mengutamakan keadilan juga merupakan prinsip-prinsip toleransi dalam Islam. Ulama kontemporer seperti Wahbah al-Zuhayli membahas konsep toleransi yang dimulai dengan moderasi Islam (wasatiyyah al-Islam) dan menjelaskan empat tema utama toleransi dalam al-Qur’an.
Gus Baha, Rais Syuriyah Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU), menekankan pentingnya memiliki referensi keilmuan yang cukup untuk mempraktikkan sikap toleransi. Menurutnya, ilmu melahirkan sikap, dan referensi tersebut akan membentuk sikap toleransi yang kuat di tengah beragamnya situasi dan kondisi.
Referensi keilmuan tentang toleransi dalam Islam banyak ditemukan melalui kisah-kisah dari sejarah Islam, seperti kisah seorang Yahudi yang meminta tolong kepada Siti Aisyah dan diberikan pertolongan serta doa yang baik olehnya. Hal ini menunjukkan bahwa dalam Islam, toleransi terhadap penganut agama lain ditekankan sebagai suatu nilai yang penting.