Majelis Masyayikh kembali menegaskan komitmennya dalam mengukuhkan pendidikan pesantren sebagai bagian integral dari sistem pendidikan nasional. Hal ini dilakukan dalam rangka menjalankan amanat Undang-Undang Nomor 18 Tahun 2019 tentang Pesantren. Majelis Masyayikh menggelar kegiatan Brainstorming Penyusunan Standar Mutu Pendidikan Pesantren jenjang Marhalah Tsaniyah (M2) dan Marhalah Tsalitsah (M3) Ma’had Aly oleh Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI, pada 1–3 Mei 2025 di Tangerang Selatan.
Forum tersebut dihadiri oleh Majelis Masyayikh, para Mudir Ma’had Aly, serta perwakilan asosiasi pendidikan tinggi pesantren (AMALI), sebagai langkah awal untuk menyatukan visi dalam menyusun regulasi pendidikan tinggi pesantren M2 dan M3 berbasis kekhasan dan tradisi keilmuan pesantren. Majelis Masyayikh sebagai lembaga mandiri dan independen yang berwenang merumuskan dan menetapkan sistem penjaminan mutu pendidikan pesantren, terus melakukan langkah-langkah strategis untuk memperkuat pendidikan pesantren melalui penyusunan standar mutu lulusan, kelembagaan, kerangka dasar, dan struktur kurikulum Marhalah Tsaniyah (M2) dan Marhalah Tsalitsah (M3) Ma’had Aly.
Menurut Sekretaris Majelis Masyayikh, KH Muhyiddin Khotib, standar mutu M2 dan M3 bukan hanya formalitas administratif, melainkan upaya sistematis untuk memastikan lulusan Ma’had Aly memiliki kedalaman ilmu, ketajaman metodologi, dan kesiapan berkhidmat di tengah masyarakat global yang dinamis. Penyusunan standar mutu ini bertujuan untuk menjaga kesinambungan dan khittah keulamaan. Rancangan standar mutu juga akan mencakup standar pendidikan (tarbiyah), standar karya ilmiah (bahts), standar pengabdian (khidmah) kepada masyarakat dengan tetap memenuhi Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI), serta penguatan metodologi akademik dan luaran yang sesuai dengan jenjang keilmuan.
Kiai Muhyiddin menambahkan bahwa tujuan dari penyusunan standar mutu adalah untuk menetapkan kerangka dasar minimum yang menjamin integritas akademik, kedalaman keilmuan, dan relevansi sosial lulusan Ma’had Aly, bukan untuk menyeragamkan antar lembaga. Direktur Jenderal Pendidikan Islam, Suyitno, menggarisbawahi pentingnya menyusun standar nasional pendidikan pesantren yang utuh.